Zaenal Mustofa terseret dalam kasus dugaan pemalsuan dokumen setelah dilaporkan oleh Asri Purwanti, sesama pengacara, pada 16 Oktober 2023.
Zaenal disebut menggunakan NIM dan transkrip nilai milik mahasiswa bernama Anton Widjanarko dari UMS, saat mendaftar kuliah di Universitas Surakarta (Unsa). NIM tersebut, C100010099, seharusnya terdaftar atas nama Anton, namun digunakan oleh Zaenal untuk memperoleh gelar sarjana hukum.
Proses hukum sempat tertunda karena Zaenal saat itu maju sebagai caleg 2024. Setelah pemilu usai, penyidikan kembali dilanjutkan. Kemudian, penyidik telah memeriksa saksi-saksi serta ahli pendidikan tinggi. Berdasarkan bukti dan keterangan tersebut, pada 18 April 2025 Zaenal resmi ditetapkan sebagai tersangka.