Pada 1684, Belanda mengasingkan Syekh Yusuf ke Sri Lanka untuk menjauhkan pengaruhnya dari rakyat. Selanjutnya, Belanda memindahkannya ke Afrika Selatan pada 27 Juni 1693. Bersama 49 orang pengikut serta keluarganya, dia diasingkan ke Tanjung Harapan menggunakan kapal bernama Voetboeg.
Syekh Yusuf adalah ulama penyiar Islam pertama di Afrika Selatan. Dia dianugerahi penghargaan dari Pemerintah Indonesia dan Pemerintah Afrika Selatan atas perlawanan melawan kolonialisme. Sosok Syekh Yusuf bahkan juga menginspirasi Nelson Mandela dalam perjuangan melawan apartheid.
Pada 2005 Presiden Afrika Selatan Oliver Reginald Thambo menganugerahi Syekh Yusuf dengan the Order of the Companions of OR Tambo in Gold.
Untuk mengenang, menghormati, dan mendoakan Syekh Yusuf, Komunitas Cape Malay setiap April melakukan ziarah ke makam (kramat) Syekh Yusuf di Daerah Macassar, Cape Town. Mereka juga menyelenggarakan Kramat Festival.
Sejarawan Afrika Selatan, Ebrahim Rhoda, meyakini tradisi Kramat Festival telah berlangsung sejak sekitar 300 tahun yang lampau. Masyarakat berdatangan dari berbagai penjuru. "Mereka pada waktu tersebut bahkan rela menginap di tenda-tenda dalam perjalanan ke kramat," kata Tudiono.