Selanjutnya, Purbaya menjabat sebagai Senior Economist di Danareksa Research Institute pada periode 2000–2005. Kemudian, ia menjabat berbagai posisi penting di PT Danareksa, termasuk sebagai Direktur Utama PT Danareksa Sekuritas, Chief Economist, serta anggota Dewan Direksi.
Pengalaman ini memberikannya fondasi kuat dalam analisis ekonomi dan kebijakan pasar modal.
Di lingkungan pemerintahan, Purbaya pernah menjadi Deputi Bidang Koordinasi Kedaulatan Maritim dan Energi di Kementerian Koordinator Bidang Kemaritiman dan Investasi, serta komisaris di PT Indonesia Asahan Aluminium (Inalum) atau MIND ID.
Posisi ini menunjukkan kemampuannya dalam pengelolaan sektor strategis yang memiliki dampak besar pada perekonomian nasional.
Yang paling menonjol adalah posisi Ketua Dewan Komisioner Lembaga Penjamin Simpanan (LPS) sejak tahun 2020. LPS berperan penting dalam menjaga stabilitas sistem perbankan nasional, sebuah tugas krusial dalam konteks pengelolaan risiko dan pengawasan bank.